In de afleveringen, die zo'n tien minuten duren, strijden dertig kinderen van 12 tot en met 14 jaar voor een plek in 'Wie is de Mol Junior'. Aan het eind van iedere aflevering valt een aantal kinderen af.
Uiteindelijk neemt Rooijakkers tien jonge kandidaten mee op avontuur in Zuid-Limburg en Zeeland. De kandidaten voeren daar verschillende opdrachten uit om zo achter de identiteit van de saboteur, de Mol, te komen.
[Tweet:body:https://twitter.com/wieisdemoljr/status/432906748274683904]
Terugkeer programmaHet is niet de eerste keer dat de AVRO met een junior-editie van 'Wie is de Mol?'komt. In 2008 was dit ook het geval. Het programma is volgens Rooijakkers sowieso populair bij kinderen. In tegenstelling tot de 'oude' variant doen er in deze variant geen BN'ers mee.
De jongeren zetten zich met hun deelname aan het programma in voor natuurbeschermingsprojecten van het Wereld Natuur Fonds (WNF). 'Wie is de Mol Junior' begint 9 maart en bestaat uit acht afleveringen van 25 minuten.
[Youtube:body:http://youtu.be/hzlQF7kUceI]