Nienhuys is als skepticus en wiskundige vanaf de oprichting in 1988 nauw betrokken bij de Stichting Skepsis. Hij heeft zich volgens de Vereniging tegen de Kwakzalverij sinds die tijd altijd krachtig uitgesproken over pseudowetenschap in de geneeskunde. Op die manier heeft hij de kwakzalverij volgens de vereniging met succes helpen bestrijden.
Uitreiking 4 oktoberNienhuys schreef in 1997 samen met een collega de encyclopedie van de pseudo-wetenschappen 'Tussen waarheid en waanzin'.
De Eindhovense wetenschapper ontvangt de erepenning op 4 oktober in Amsterdam.